En marzo de 2013, WhatsApp anunció que la versión para Android, gratuita desde su creación, sería de pago por el primer uso; al cabo de 365 días de uso, es obligatorio volver a pagar para extender el uso del programa un año más.
El 19 de febrero de 2014, Mark Zuckerberg ―el creador de Facebook― anunció en su perfil personal la compra de la aplicación móvil WhatsApp por un importe total de 19 000 millones de dólares y aclaró que su decisión buscaba ampliar el número de usuarios en Facebook.
El 22 de febrero de 2014, tuvo unos fallos a nivel mundial; los responsables de WhatsApp reconocieron la caída del servicio en una cuenta de Twitter dedicada a informar de posibles fallos en la aplicación, @wa_status. . El día 2 de abril, hubo otro de estos fallos.
El día 25 de mayo, a las 19 horas, se produjo un breve fallo que volvió a dejar a los usuarios sin servicio durante algo más de una hora.
En marzo de 2015, empezó a correr el rumor sobre una posible actualización en la aplicación que permitiría hacer llamadas de voz por medio de VoIP: esa actualización se distribuyó poco a poco entre los usuarios; suponiendo que para empezar a medir cuánto podrían soportar sus servidores.Finalmente se comenzó a habilitar dicha función por medio de la aplicación, inicialmente para sistemas Android, posteriormente para otros sistemas operativos, ya sea por datos móviles o por medio de una conexión Wi-Fi.
En 2016, se habilitó el cifrado de extremo a extremo, lo que impide que supuestamente nadie (ni siquiera la misma empresa) tenga acceso a los contenidos que se envían, solo el emisor y el receptor, sin embargo se descubrió un fallo en la seguridad de este, fallo que Facebook conocía.